El diagnóstico diferencial de la enfermedad CLN2 varía dependiendo de la etapa de progresión de la enfermedad

En niños pequeños con convulsiones/epilepsia graves de inicio reciente

• Síndromes epilépticos
  • En particular, los relacionados con crisis mioclónicas
    • Epilepsia mioclónica-astática (síndrome de Doose)
    • Epilepsias mioclónicas benignas
    • Epilepsias mioclónicas progresivas (por ejemplo, la enfermedad de Dravet, de Lafora, la enfermedad de Unverricht-Lundborg, la epilepsia mioclónica con fibras rojas rasgadas)
  • Otro síndrome de epilepsia (por ejemplo, el síndrome de Lennox-Gastaut, canalopatías, como SCN1A o SCN2A)
• Otros síndromes metabólicos que pueden estar asociados con epilepsia mioclónica (por ejemplo, sialidosis y galactosialidosis)

En niños con neurodegeneración progresiva, que hayan sido diagnosticados con:

• Enfermedades de la materia gris asociadas con la demencia y la epilepsia:
  • Otros trastornos de LCN, particularmente las variantes infantiles de aparición tardía de CLN5, CLN6, CLN7, CLN8, CLN14
  • Gangliosidosis (por ejemplo, la enfermedad de Tay-Sachs)
  • Mucopolisacaridosis (por ejemplo, el tipo III)
  • Mucolipidosis
  • Enfermedad de Niemann-Pick C
  • Trastornos peroxisomales
  • Trastornos mitocondriales
• Enfermedades de la materia blanca asociadas con la función motora y la anormalidad significativa en las RMN:
  • Leucodistrofias, en particular:
    • Enfermedad de Krabbe
    • Leucodistrofia metacromática
    • Adrenoleucodistrofia