Le diagnostic différentiel de la CLN2 varie selon le stade de progression de la maladie¹

Chez les jeunes enfants présentant des crises violentes /une épilepsie sévère, apparues récemment¹

• Syndromes épileptiques
  • En particulier ceux associés à des crises myocloniques
    • Épilepsie myoclono-astatique (syndrome de Doose)
    • Épilepsies myocloniques bénignes
    • Épilepsies myocloniques progressives (p. ex., syndrome de Dravet, maladie de Lafora, maladie d'Unverricht-Lundborg, épilepsie myoclonique avec fibres rouges déchiquetées [syndrome MERRF])
  • Autre syndrome épileptique (p. ex., syndrome de Lennox-Gastaut, canalopathies de type SCN1A ou SCN2A)
• Autres syndromes métaboliques pouvant être associés à une épilepsie myoclonique (p. ex., sialidose et galactosialidose)

Chez les enfants présentant une neurodégénérescence progressive, avec pose du diagnostic suivant :^1,2

• Atteintes de la substance grise associées à une démence et une épilepsie :
  • Autres types de CLN, en particulier les formes infantiles tardives de CLN5, CLN6, CLN7, CLN8, CLN14
  • Gangliosidoses (p. ex., maladie de Tay-Sachs)
  • Mucopolysaccharidoses (p. ex., de type III)
  • Mucolipidoses
  • Maladie de Niemann-Pick de type C
  • Maladies peroxysomales
  • Maladies mitochondriales
• Maladies de la substance blanche associées à des troubles de la fonction motrice et à des anomalies significatives à l'IRM
  • Leucodystrophies, en particulier :
    • Maladie de Krabbe
    • Leucodystrophie métachromatique
    • Adrénoleucodystrophie